高通量組織研磨儀對真菌分子的破壁和真菌DNA的提取
實驗目的
對真菌細胞進行破壁,,提取其DNA,。
實驗原理
隨著分子生物學技術的進展,,PCR相關方法越來越多地被應用到真菌學研究中來,,而真菌DNA的提取是包括分子診斷在內的所有實驗的基礎,,簡便快捷地提取真菌DNA,,且獲得的DNA完整,、純度高,,對真菌分子生物學的研究有及其重要的意義,。
真菌細胞壁以幾丁質、葡萄糖為主構成細胞壁骨架,而基質則由多糖,、甘露聚糖,、糖蛋白、脂質等填充,。絲狀真菌堅韌厚壁的構成,,需要較為繁瑣的破壁手段,故真菌DNA的提取較細菌或其他組織細胞難度更大,。為保證真菌PCR技術及其相關分子生物學技術的順利開展,,簡便快捷地提取真菌DNA,且獲得的DNA完整,、純度高,,是必須解決的前提條件。
實驗材料和器具
樣品:真菌類
儀器:高通量組織研磨儀(上海凈信,,Tissuelyser-48)
耗材:離心管(上海凈信,,0.4研磨單位),研磨珠(上海凈信,,6號,,1顆)
試劑:TE Buffer,DA Buffer,,E Binding Buffer,,Elution Buffer
實驗步驟
方法1
1.1 取0.1g菌絲加入0.4研磨單位離心管中,加0.08mlTE Buffer,,加入石英砂100mg,;
1.2 將離心管放入上海凈信科技的高通量組織研磨儀Tissuelyser-48中,設置頻率13單位振頻,,研磨10min,;
1.3 取出離心管于65°C環(huán)境中溫浴30min,然后移出,;
1.4 加入0.65mlDA Buffer,,混合均勻后于冰浴中放置5min;
1.5 放入離心機14000r/min離心3min,;
1.6 將上清液轉移到一個新的0.5研磨單位離心管中,,加0.15ml的E Binding Buffer,并混合均勻,,將混合液體轉移至Spin column,;
1.7 放入離心機6000r/min離心1min,棄去接液管中液體,;
1.8 Spin column中加入0.12ml的Wash Buffer,,于10000r/min離心30s,,棄去接液管中液體;
1.9 重復步驟1.8,,棄去接液管中液體后,,再10000r/min離心60s,Spin column轉到新的EP管中,;
1.10 Spin column中加入0.03ml Elution Buffer,,室溫放置1min。12000 r/min離心60s,,并棄去Spin column,。
方法2
2.1 取0.1g菌絲加入0.4研磨單位離心管中,加0.08ml10×TE Buffer,,加入石英砂100mg,;
2.2 將離心管放入上海凈信科技的高通量組織研磨儀Tissuelyser-48中,設置頻率60hz,,研磨2-3min,;
2.3 加入0.024ml10%SDS,加入0.002ml蛋白酶K,,混勻,,65°C環(huán)境中水浴30min;
2.4 然后渦旋1min,,加入0.024ml5M NaCl,,加入1/10體積的10%CTAB(約0.013ml);2.5 于65°C水浴60min,,渦旋1min,;
2.6 抽提,加入1/2體積(約0.07mi)的Tris飽和酚及1/2體積(約0.07ml)的氯仿:異戊醇(24:1),,混勻,;
2.7 于離心機14000轉離心1min,取上清液到另一離心管中,;
2.8 重復步驟2.7 2-3次(視兩相界面雜質多少而定),。
2.9 加入等體積氯仿:異戊醇(24:1)混勻,14000轉離心10min,,取上清液至另一離心管中,;
2.10 后開始沉淀,加入0.045ml NH4Ac,,輕柔混勻,,冰水中放置30min,加入0.6倍體積的異丙醇,,混勻,,14000轉離心10min,,棄上清液,;
2.11 用1000ul70%乙醇清洗沉淀,,室溫晾干,加0.04ml TE Buffer溶解沉淀,。
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